Deniz, İsmail Gökhan | Sümbül, Hüseyin | Sezik, Ekrem

Article | 2015 | Biological Diversity and Conservation8 ( 1 ) , pp.44 - 61

Bu araştırmada, Antalya İli'ndeki farklı lokalitelerden toplanan veya yerinde gözlemlenen eksiz 7 Ophrys L. taksonuna ait örneklerin morfolojik özellikleri çalışılmıştır. Tüm taksonlar için tipifikasyonları, sinonim listeleri, betimleri, habitat özellikleri, fitocoğrafik bölgeleri ve yayılış haritaları sunulmuş, morfolojik olarak yakınlık gösterdiği taksonlarla morfolojik özellikleri tartışılmıştır. Morfolojik tanımlar, ayrıntılı disseksiyonel çizimlerle desteklenmiştir. Çalışma sonucunda, Türkiye Florası'nda bu cinse ait taksonların tanımlarında yer almayan ve taksonlar arasında farklılıklar gösteren yeni karakterler tespit edilmiş . . .tir. Bu özelliklerin de ilave edilmesi ile Antalya İli'nde yayılış gösteren eksiz Ophrys L. taksonlarına ait detaylı tanımlar ve çiçek fotoğraflı daha kullanışlı bir teşhis anahtarı hazırlanmıştır. Bununla birlikte taksonların mevcut yayılış alanlarına tarafımızdan yeni yayılış alanları da eklenmiştir In this research, the morphological characteristics of non-appendix 7 Ophrys L. taxa which were collected or examined in situ from different localities in Antalya were examined. Typifications, synonym lists, descriptions, ecology, phytogeography and distribution maps are provided for all non-apendix groups of Ophrys taxa and relationships to similar taxa are discussed. The morphological descriptions are supported by detailed dissectional hand drawings. As a result of this study, new characteristics which had not been previously described in Turkish Flora were observed. These detailed morphological differences and a useful illustrated identification key with flower diagrams were prepared for all non-appendix Ophrys taxa distributed in the Antalya Province. In addition, we added new localities to the known distribution areas of tax Daha fazlası Daha az

Karakurt, Halil | Kotan, Recep | Dadaşoğlu, Fatih | Aslantaş, Rafet | Şahin, Fikrettin

Article | 2011 | Turkish Journal of Biology35 ( 3 ) , pp.283 - 291

Bu çalışma bitki büyümesini teşvik eden 4 bakterinin (Bacillus subtilis OSU - 142, Bacillus megaterium M - 3, Burkholderia cepacia OSU - 7 ve Pseudomonas putida BA - 8) tek başlarına veya kombinasyonlar halinde vişnenin (Prunus cerasus cv. Kütahya) vejetatif gelişimine olduğu kadar pomolojik ve kimyasal özellikleri üzerine de etkilerini değerlendirmek için yürütülmüştür. Kullanılan bütün bakteri suşlarının tek başlarına ya da kombinasyonlarının özellikle meyve tutumu ve vejetatif gelişme üzerine doğrudan; meyvelerin pomolojik ve kimyasal özellikleri üzerine dolaylı olarak olumlu yönde bir etkisinin olduğu görülmüştür. Bu yüzden bu b . . .akteri suşlarının sürdürülebilir ya da ekolojik tarım sistemlerinde meyve, sebze ve süs bitkileri yetiştiriciliğinde biyogübre olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Th is study was performed to determine eff ects of 4 plant growth promoting rhizobacteria (Bacillus subtilis OSU - 142, Bacillus megaterium M - 3, Burkholderia cepacia OSU – 7, and Pseudomonas putida BA - 8) alone and in combinations on fruit set of sour cherry trees (Prunus cerasus L., cv. Kütahya), and to investigate their resulting pomological and chemical characteristics as well as vegetative growth. All the tested bacterial strains alone or some of their combinations have a great potential to increase especially fruit set and plant vegetative growth, and indirectly aff ect fruit pomological and chemical characteristics. Th erefore, they may be considered as biofertilizer for fruit, vegetable, and ornamental plant production in sustainable and ecological agricultural systems Daha fazlası Daha az

Okuyan, Betül | Izzettın, Fikret Vehbi | Özlem, Ozakpınar Bingöl | Turan, Pınar | Ozdemir, Zarife Nigar | Sancar, Mesut | Ercan, Feriha

Article | 2012 | IUFS Journal of Biology71 ( 2 ) , pp.103 - 111

Bu çalışmada, sıçanlarda sisplatin ve diğer kemoterapötik ajanların (etopozid ve gemsitabiıı) nefrotoksisitesi üzerine Ginkgo biloba'ntn olası etkilerinin belirlenmesi amaçlandı. Hayvanlar, rastgele olarak ve her biri 6 adet sıçandan oluşan 10 gruba ayrıldı. Deneyin başlangıcında ve tedavi sonrasında serum BUN (kan üre azotu) ve kreatinin değerleri; tedavi sonrasında böbrek dokusu malondialdehit (MDA) seviyeleri ile glutatyon (GSH) ve miyeloperoksidaz (MPO) aktiviteleri ölçüldü. Ayrıca böbrek dokusunun histopatolojik incelemesi yapıldı. Ginkgo biloba ekstresi, sisplatin tedavisinin bir sonucu olarak yükselmiş olan serum kreatinin ve . . . böbrek MDA seviyelerini anlamlı olarak düşürdü (p0.05). Aynı zamanda sisplatin tedavisi sonucu azalmış olan böbrek GSH değerlerini anlamlı olarak yükseltti (p0.05). Elde edilen sonuçlar, böbrek dokusunun histopatolojik değerlendirmesiyle de paralellik gösterdi. Çalışmanın sonuçlarına göre, renoprotektif ajanların kullanılması sırasında sisplatin içeren kemoterapötik rejimlerle olası etkileşimlerinin göz önünde bulundurulması gerekmektedir. The study was aimed at investigating the possible renoprotective effects of Ginkgo biloba on nephrotoxicity induced by cisplatin w/wo other antineoplastic agents (etoposide and gemcitabine) in rats. The animals were randomly divided into eight groups each consisting of six rats. Serum blood urea nitrogen (BUN) and creatinine values at baseline and after drug administration, kidney malondialdehyde (MDA), glutathione (GSH) levels, and myeloperoxidase activity (MPO) were measured, and a histopathologic examination of kidney tissues was carried out. Ginkgo biloba extract significantly decreased the serum creatinine and kidney MDA levels, which had increased as a result of cisplatin administration and also improved the depletion of kidney GSH levels in cisplatin administered rats (p<0.05). These results were confirmed by histopathologic observations of the kidney tissues. According to the results of the present study, the potential interactions between the renoprotective agents and the cisplatin-based chemotherapeutic regimens must be considered Daha fazlası Daha az

Tekdal, Dilek | Ünek, Ceren

Article | 2019 | Bağbahçe Bilim Dergisi6 ( 1 ) , pp.66 - 72

Mikroalgler sensu lato (s.l), birçok habitatta yaşayabilen, tek hücreli fotosentetikorganizmalardır. Oldukça uzun bir geçmişe sahip olan alglerin aynı zamanda yüksekadaptasyon yetenekleri bulunmaktadır. Dünya üzerinde, birçok canlının yaşam olanaklarınısınırlayan zorlu çevre koşulları mevcuttur. Ekstrem çevre koşulları olarak nitelendirilen buzor koşullara adapte olmuş canlılar ise ekstremofiller olarak bilinmektedir. Algler, günümüzdesürdürülebilir enerji eldesi, çeşitli biyoaktif moleküllerin eldesi, biyolojik arıtım gibi birçokçığır açıcı teknolojik uygulama ile enerji, tıp, kozmetik, ilaç gibi dev endüstriyel alanlardakullanım p . . .otansiyeli taşımaktadır. Algal biyoteknoloji alanındaki uygulamalarda alglerinendüstiyel olarak üretimlerini sınırlayan önemli engeller bulunmaktadır. Karşılaşılanengelleri aşabilmek için, araştırıcılar zorlu üretim koşullarına adapte olabilecek uygun türleribulmaya çalışmaktadırlar. Son yıllarda, ekstremofilik türlerin izolasyonu ve kültüre edilereksaklanması ile alg kültür koleksiyonlarının oluşturulması daha fazla önem kazanmıştır.Sunulan bu derlemede algler hakkında genel bir bilgi verilmekte olup, alglerin önemi, yapılançalışmalar, kullanım potansiyelleri ve ülkemizde algal biyoteknoloji çalışmaları üzerindedurulmuştur. Microalgae sensu lato are photosynthetic, mostly unicellular microorganismsliving in various types of habitats. Algae have a long history from past to now, and they haveunique potential of adaptation to very harsh environments. There are harsh environmentalconditions in the world that limit the living conditions for many living organisms. These hardconditions are described as extreme for living organisms, and the residents of theseenvironments are called extremophiles. Algal biotechnology is gaining momentum so fast,while rapid advances have been made in all biotechnological fields recently. Algalbiotechnology is including the production of renewable energy, production of various kinds ofcommercially important biomolecules, use of microalgae in biological wastewater treatmentsand many other groundbreaking biotechnological applications, which have many applicationsin large industrial areas such as energy, medicine, cosmetics. There are significant obstaclesto algal biotechnology applications and industrial production of algae. In recent years, theisolation and cultivation of extremophilic species and the creation of algal culture collectionshave gained more importance. In this review, general information about algae is given, andthe importance of algae, algal studies and their usage potentials and algal biotechnologystudies in our country are emphasized Daha fazlası Daha az

Tatlı, Özge | Nikerel, Emrah | Soğutmaz, Bahar Özdemir

Other | 2015 | Turkish Journal of Botany39 ( 6 ) , pp.1042 - 1050

Metabolomics aims to systematically gather (quantitative) information on metabolites in the cell and is commonly viewed as the missing link between genomics, transcriptomics, and physiology. Typical metabolomics platforms consist of two main steps, the quenching and extraction of metabolites from plant material and the (un)targeted quantification of the extracted metabolites. Brachypodium distachyon, a native grass species of the Mediterranean region, is an attractive model plant to study temperate crops. In recent years, despite an increasing interest in genomic and transcriptomic studies, metabolomics studies for B. distachyon are . . . still in their infancy. Drought, an abiotic stress factor, causes severe loss in plant productivity and it is therefore crucial to understand its effect on plant metabolism, in particular its metabolome. The objective of this study is to set up a quantitative plant metabolomics platform for B. distachyon to evaluate and optimize alternative metabolite extraction protocols (methanol and methanol-chloroform extraction). Focusing on three reporter metabolites (ATP, glucose, and starch) for metabolite quantification and two extraction protocols, we compared the drought stress response of 2 different genotypes from different geographical regions of Turkey. Results revealed that there is no one-protocol-fits-all, pointing to significant differences in metabolite recoveries upon different extraction protocols, though methanol extraction generally yielded higher recoveries. Drought stress resulted in higher glucose levels while ATP and starch levels did not show statistically significant or consistent changes. In conclusion, the impact of drought stress on B. distachyon metabolism was significant and this study could be the basis for further metabolomics studies on plant stress response Daha fazlası Daha az

Aydın, Safa | Yalvaç, Mehmet Emir | Özcan, Ferruh | Şahin, Fikrettin

Article | 2016 | Turkish Journal of Biology40 ( 4 ) , pp.747 - 754

Electroporation is a safe and efficient method to transfect human tooth germ stem cells (hTGSCs), which are mainly mesenchymal stem cells (MSCs). In this study, pluronic F68 (PF68), a nonionic and low-foaming surfactant, was used for the first time to increase the transfection efficiency in electroporation of hTGSCs. Our results revealed that when PF68 was used in the preincubation, electroporation, and recovery medium, it dramatically increased transfection efficiency. Moreover, use of PF68 did not alter the differentiation capacity of hTGSCs, whereas cells electroporated without PF68 had significantly lower expression of Oct-4, pl . . .uripotency marker gene, and alkaline phosphatase (ALP) activity upon osteogenic differentiation. We found that PF68 increases transfection efficiency in both electroporation and chemical transfection of cancer cells lines MCF-7 and HeLa. The study suggested that PF68 might be a safe and reliable chemical to use for increasing transfection efficiency during electroporation and chemical transfections Daha fazlası Daha az

Karaltı, İskender

Article | 2018 | MANTAR DERGİSİ9 ( 1 ) , pp.76 - 79

Üriner sistem enfeksiyonları çoğunlukla bakteriler tarafından oluşturulmaktadır. Bakteriler içinde de daha çok Gram negatifler, özellikle de Escherichia coli türleri izole edilmektedir. Bakterilerden sonra gelen mantar enfeksiyonları içinde de sıklıkla Candida cinsine ait türlerin neden olduğu enfeksiyonlara rastlanmaktadır. Çalışmamızda on yıllık periyotta (2006- 2016 yılları arasında) Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında idrar örneklerinden izole edilen Candida kökenlerinin dağılımı belirlenmiştir. Tanımlamada C. albicans ayrımı için germ tüp testi yapılmış olup, Non-albicans Candida türleri için ise API I . . .D32C ve Vitec 2.0 (Biomerieux, Fransa) cihazları kullanılarak tür tayinleri yapılmıştır. Toplamda 249 adet Candida üremesi gözlenmiştir. En fazla izole edilen tür C. albicans (%54.2) olmuştur. Bunu C. tropicalis (%14.1), C. glabrata (%12.4), C. parapsilosis (%4.4) izlemiştir. İdrarda Candida türleri sık görülmemekle birlikte son yıllarda bir artış gözlenmektedir. Bazı örneklerin alımı sırasında meydana gelen kontaminasyon da göz önünde bulundurularak hastanın kliniği ile kültür sonucu birlikte değerlendirilerek tedaviye başlanmalıdır. Urinary system infections are mostly caused by bacteria. Gram negatives, especially Escherichia coli species, are isolated among the bacteria. Fungal infections following bacterial infections are also frequently infections caused by the genus belonging to the genus Candida. In our study, the distribution of Candida genus were determined which were isolated from urine specimens in the Yeditepe University Hospital Microbiology Laboratory for a period of ten years (2006-2016). Germ tube test was done for the identification of C. albicans, and for species of Non-albicans Candida species were determined using API ID32C and Vitec 2.0 (Biomerieux, France) devices. 249 Candida species were observed in total. The most isolated species was C. albicans (54.2%). This was followed by C. tropicalis (14.1%), C. glabrata (12.4%) and C. parapsilosis (4.4%). Candida species are not common, but an increase is observed in recent years. Considering the contamination of some samples during the intake, treatment should be started by evaluating the culture result with the patient's clinic Daha fazlası Daha az

Kocabaş, Fatih | Ergin, Enes Kemal

Article | 2016 | Turkish Journal of Biology40 ( 1 ) , pp.239 - 249

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) is a deadly tick-borne virus with high mortality rates. Current antivirals lack specificity, making them susceptible to off-target effects and cytotoxicity. There is an utmost need for the identification of active compounds for anti-CCHFV therapies. Inhibition of CCHFV ovarian tumor (OTU) protease by small molecules is an exciting potential antiviral therapy. In this study, computational approaches based on residue homology, the binding coordinates of ligands, and correlation analysis with in vitro data identified the pocket of Y89-W99 as the inhibition site of CCHFV OTU protease. In sil . . .ico screening of more than 600,000 compounds against this newly discovered pocket can identify potent inhibitors of CCHFV OTU protease. This novel set of compounds exhibits a common substructure and higher binding affinities. These findings distinguish the pocket of Y89-W99 as a pharmaceutical target for the optimization and identification of CCHFV OTU protease inhibitors that could serve as lead structures for discovering therapies against CCHFV Daha fazlası Daha az

Akaydın, Galip | Özüdoğru, Barış | Kırmızıbekmez, Hasan | Yeşilada, Erdem

Article | 2011 | Biological Diversity and Conservation4 ( 1 ) , pp.67 - 78

Bu çalışma, İstanbul ili Ataşehir ilçe sınırlarında bulunan Kayış dağı ve Yeditepe Üniversitesi 26 Ağustos Yerleşim Alanı’nın florası ile ilgilidir. Yapılan arazi çalışmaları ve literatür taramaları sonucunda alanda, 73 familyadan 262 cins ve bu cinslere ait toplam 476 taksonun yetiştiği belirlenmiştir. En fazla takson içeren familya Asteraceae (65; %13.7)’dir. Bunu Fabaceae (63; %13.2) ve Poaceae (46; %9.7) izlemektedir. Ayrıca en fazla taksona sahip cins Trifolium L. (19; %4.0) olup, bunu Ranunculus L. (11; %2.3), Vicia L. (8; %1.7) ve Lathyrus L. (8; %1.7) izlemektedir. Araştırma alanındaki 175 (%36.76) taksonun fitocoğrafik bölg . . .esi belirlenebilmiştir. Bu taksonların fitocoğrafik bölgeler içindeki dağılımı şu şekildedir: Akdeniz elementi (105; % 22.06), Avrupa-Sibirya elementi (67; %14.07), İran-Turan elementi (3; %0.63). Araştırma alanında 11 adet endemik (%2.31) ve 3 adet nadir takson tespit edilmiş olup bu bitkilerin IUCN’e göre tehlike kategorileri floristik listeye eklenmiştir. Çalışmanın sonuçları inceleme alanının yakın çevresinde yapılmış olan çalışmalarla fitocoğrafik bölge elementleri ve endemizm yönünden karşılaştırılmıştır. Ayrıca Jaccard benzerlik indeksi kullanılarak alanlar takson benzerlikleri yönünden karşılaştırılmıştır. This study is concerned with the flora of Kayışdağı and Yeditepe University 26 Ağustos Campus, which are located in district of Ataşehir, İstanbul. According to our field studies and literature screening, a total number of 476 taxa which consist of 262 genera from 73 families grow in the area. The highest number of taxa belongs to the familiy Asteraceae (65; 13.7%). It is followed by the families Fabaceae (63; 13.2%) and Poaceae (46; 9.7%). Besides, Trifolium L. (19; 4.0%) is the genus with the highest number of taxa which is followed by Ranunculus L. (11; 2.3%), Vicia L. (8; 1.7%) and Lathyrus L. (8; 1.7%). The phytogeographical regions of 175 (36.76%) taxa in the research field could be identified. The distribution of these taxa in the phytogeographical regions are as follows; Mediterranean element (105; 22.06%), Euro-Siberian element (67; 14.07%), Irano-Turanian element (3; 0.63%). 11 numbers (%2.31) of endemic and 3 numbers of rare taxa were identified in the research field. Moreover, the threat categories of these plants according to IUCN were added to the floristic list. The results of our research are compared with the studied neighboring areas in means of phytogeographic element rates and endemism. Also taxa similarity is compared by Jaccard similarity index Daha fazlası Daha az

Aydoğdu, Nurullah | Taşlı, Pakize Neslihan | Şişli, Hatice Burcu | Yalvaç, Mehmet Emir | Şahin, Fikrettin

Article | 2016 | Turkish Journal of Biology40 ( 2 ) , pp.430 - 442

Stem cell-based applications have become a popular and promising approach for therapy for a number of disorders including neurodegenerative diseases, degenerative muscle diseases, and osteoporosis, as well as trauma, inflammations, burns, and injuries. Human tooth germ stem cells are an adult stem cell source; they have mesenchymal stem cell properties and show high proliferative and differentiation capacity. Melatonin has been demonstrated to regulate differentiation of human and mouse mesenchymal stem cells into various cell lineages in addition to its other functions in the body. In the current study, the effects of melatonin on . . .osteogenic, neurogenic, adipogenic, chondrogenic, myogenic, and odontogenic differentiation of human tooth germ stem cells were investigated. The results showed that melatonin increases the viability of cells. It significantly augments osteogenic, neurogenic, chondrogenic, myogenic, and odontogenic differentiation of the cells, whereas it reduces adipogenic differentiation capability. These results suggest that melatonin has a great potential to increase differentiation capacity of human tooth germ stem cells and might be useful in regenerative therapy applications involving stem cell differentiations in addition to defining potential treatments for obesity because of its suppressor effects on adipogenesis Daha fazlası Daha az

İyigündoğdu, Zeynep Ustaoğlu | Demirci, Selami | Baç, Nurcan | Şahin, Fikrettin

Article | 2014 | Turkish Journal of Biology38 ( 3 ) , pp.420 - 427

The present work involves development of stable antimicrobial materials containing silver- and zinc-ion-exchanged zeolites. Faujasite X and Linde type A zeolites were synthesized, and following ion exchange with Ag and Zn ions they were found to exhibit antimicrobial effects against bacteria (E. coli, P. aeruginosa, and S. aureus), yeast (C. albicans and C. glabrata), and fungi (A. niger and P. expansum). Zeolites-X and -A containing silver and zinc ions were then mixed with various coating materials, including paints and polypropylene, to develop antimicrobial composites. The long-term antimicrobial characteristics of zeolite-conta . . .ining composite materials were investigated by inoculating selected microorganisms onto the surface of the materials. The results indicated that the higher the zeolite concentration present in the composite, the more long-term antimicrobial activity was achieved. Silver-ion-exchanged zeolites were more effective against bacterial and candidal species, while zinc zeolites exhibited noticeable antifungal properties. Materials manufactured with metal-ion-exchanged zeolites would prevent microbial growth on surfaces, reducing cross-contamination and infection risk as well as the microbial degradation of products Daha fazlası Daha az

Olgun, Murat | Turan, Metin | Katar, Duran | Aydın, Doğan

Article | 2016 | Biological Diversity and Conservation9 ( 2 ) , pp.147 - 156

Bu çalışmada ekmeklik buğday, makarnalık buğday, arpa, triticale ve karabuğday çeşitlerinde farklı gelişme devrelerinde yaprak ve saplarda mineral madde, amino asit ve organik asit değişimleri incelenmiştir. Yapılan incelemede karabuğday çeşitlerinin mineral madde, amino asit ve organic asit düzeyleri yönünden zengin ve diğer incelenen yakın özellik gösterdiği belirlenmiştir. Ayrıca mineral madde, amino asit ve organic asit düzeylerinin, genotip x çevre interaksiyonundan oldukça etkilendiği sonucuna varılmıştır. The objective of this study was to determine changes of some mineral, amino and organic acid characteristics in developmen . . .tal of stages of buckwheat, bread wheat, durum wheat and triticale genotypes. Analyses of above-ground parts in buckwheat and cereal genotypes showed that nutritional quality characteristics of buckwheat are similar to bread and durum wheat, barley and triticale genotypes in minerals, amino acid and organic acid compositions. Our results confirm that when compared with Sönmez (bread wheat), Dumlupınar (durum wheat), Ince (barley) and Karma (triticale) genotypes; Aktaş, Güneş and buckwheat genotypes are rich in minerals, amino and organic acid compositions. They are mostly formed by genotype × environment interaction Daha fazlası Daha az